在套版号侵权案件的行政处罚和刑事追诉中，“违法所得”与“非法经营额”是两个在法律评价和处罚计算上完全不同的概念。违法所得是指违法行为所获得的收益，通常指扣除成本后的净利润。非法经营额是指违法行为所产生的全部交易金额，不扣除任何成本。在岳阳闻道公司的案件中，执法部门明确：本案违法经营额为17373.6元，其违法所得不予扣除任何支出，即违法所得为17373.6元。以该案示例：违法经营额=游戏充值流水=17373.6元，违法所得=游戏充值流水17373.6元扣除运营支出（理论上要扣除成本），但执法中认定不予扣除任何支出。行政处罚的罚款基数与违法所得不完全相同，罚款是与违法经营额的5倍挂钩。违法经营额超过1万元的，罚款基数=违法经营额×5至10倍。违法所得部分则是没收，不直接用于计算罚款，但远低于违法经营额可能导致按较低倍数处以罚款。

在余某案的刑事追诉中，违法所得认定问题成为辩方策略的核心。辩方认为，违法所得应为犯罪行为实施所产生的直接经济利益。买卖国家机关公文与游戏运营是两个不同的环节和行为，如果犯罪行为是国家机关公文的买卖行为，游戏后续运营收益不应该被纳入违法所得的范围。即便认定游戏的后续收益属于违法所得，也应当对游戏收入及成本进行准确核算，以游戏利润而非收入认定违法所得。法院在确定刑期和罚金金额时，重点考量非法经营额，但也综合考虑违法所得金额。即使在流水极高的情况下，如果违法所得难以认定或认定金额较小，也可能影响最终的量刑结果。