游戏因版号问题被苹果App Store下架后，已充值的用户可以通过Apple官方的“报告问题”渠道申请退款。用户登录Apple ID后的“购买记录”中，找到对应的充值订单，点击“报告问题”，选择“商品不符合预期”或“未授权购买”等理由提交退款申请。

苹果处理退款申请的时间通常为5至14个工作日。退款是否成功，取决于用户使用的支付方式、充值时间长短、退款理由的充分性等因素。因版号下架导致的服务中断，通常会被苹果认定为“商品不符合预期”，支持用户的退款申请。但游戏开发者也应当主动承担退款义务。游戏运营方应当在官网发布停运公告，并开通退款通道，主动为用户尚未消耗的虚拟货币提供退款。依据法律规定，游戏运营企业终止运营网络游戏时，应当提前60日予以公告，并妥善处理用户尚未使用的网络游戏虚拟货币。

因版号问题被下架，开发者未主动退款的，可能面临用户集体诉讼。无版号游戏存在随时被监管部门行政处罚、强制下架或终止运营的现实风险，导致玩家无法获得稳定服务，其基于充值形成的虚拟财产权益难以保障。